＞29ｌ123さん
水没、、、、被害はバイクだけでないと察し、お見舞い申し上げます。

フレームの水抜き、、、、フレーム下部の水抜きと言うより、通気口？としてステップの辺に穴が空いております。
この穴は汚れで塞がっている場合もあるので、まずはここチェックして下さい。
ここを底辺にすることが出来ればフレーム最下層に入ってしまった水も抜けると思いますが、エンジンなど部品が付いた状態だと難しいと思います。
まずは穴のチェックをして見てください。